NIPT 技術の種類の選択

NIPT に一般的に使用されるテクノロジー プラットフォームは、次世代シーケンシング (NGS) またはさまざまなターゲット手法を使用した全ゲノム シーケンシングです。ラボに最適な NIPT テクノロジーを検討するときは、データの生成と分析、ラボのワークフロー、および結果として生じる臨床的影響を考慮する必要があります。

NIPT と全ゲノムシーケンシング

全ゲノム シーケンス技術を使用した NIPT は、最も有益な NIPT 結果1 ～ 7を提供し、ゲノム全体の包括的なビューを提供します。全ゲノムシーケンシングによる NIPT は、ターゲットシーケンシングやアレイベースのプラットフォームと比較して、一貫して失敗率が低くなります8。

全ゲノム配列決定ベースの NIPT で使用されるポリメラーゼ連鎖反応 (PCR) を使用しないサンプル調製により、ラボのワークフローが改善され、アッセイの複雑さが大幅に軽減され、ターンアラウンド タイム (TAT) が大幅に短縮されます。このタイプの NIPT NGS テクノロジーは、拡大するラボのニーズに合わせて簡単に拡張することもできます。

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NIPTのターゲットを絞ったアプローチ

NIPT の対象技術には、一塩基多型 (SNP) 解析、マイクロアレイ解析、ローリング サークル増幅などがあります。ターゲットを絞ったアプローチでは、選択した染色体の限られた領域のみが分析されます。

これらのターゲットを絞ったアプローチには、追加の手順があり、全ゲノム配列決定法よりも多くの増幅ラウンドを使用するため、より複雑なワークフローが導入されます。

SNP分析

SNP は個人間の遺伝的変異です。この手法は、親と子の DNA の違い、およびコピー数を推測するための遺伝的変異の相対的量を決定します。cfDNA は、特定の SNP ターゲットを使用した PCR によって増幅されます。これらの標的の配列が決定され、母子両方の対立遺伝子分布が決定されます。アルゴリズムは、予想される対立遺伝子頻度の異常を決定します。

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マイクロアレイ分析

このタイプのNIPTでは、マイクロアレイが使用されます。これは、固体表面に付着した微細なDNA領域のアセンブリです。cfDNA フラグメントは PCR によって増幅され、蛍光プローブでタグ付けされ、NIPT マイクロ アレイ上の相補配列に結合します。光強度と結合位置の両方が、それぞれ DNA の相対量とターゲットの存在または非存在を示します。予想される蛍光カウントの偏差は、異数性を示します。

「すべての妊婦に、NIPS が伝統的にスクリーニングされた異数性（すなわち、パトー症候群、エドワーズ症候群、およびダウン症候群）に対する最も感度の高いスクリーニング選択肢であることを知らせる」1 .

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ローリングサークル増幅

ローリング サークル増幅は、円形のテンプレートに結合し、ローリング メカニズムによって複製する特定の cfDNA フラグメントをターゲットにします。ローリングサークル複製産物は、蛍光標識され、カウントされます。予想される蛍光カウントの偏差は、異数性を示します。

参考文献:

グレッグ、AR等。胎児異数性に対する非侵襲的出生前スクリーニング、2016 年更新：American College of Medical Genetics and Genomics の見解表明。ジュネット。中 18、1056–1065 (2016)、PMID: 27467454

Herzenberg, LA, Bianchi, DW, Schröder, J., Cann, HM & Iverson, GM 妊婦の血液中の胎児細胞: 蛍光活性化セルソーティングによる検出と濃縮。議事録 国立 アカデミー。科学。USA 76、1453–1455 (1979)、PMID: 286330

デニス・ロー、YM他 母体の血漿および血清中の胎児 DNA の存在。ランセット 350、485–487 (1997)、PMID: 9274585

チウ、RWK等。母体血漿中のDNAの超並列ゲノム配列決定による胎児染色体異数性の非侵襲的出生前診断。議事録 国立 アカデミー。科学。米国 105、20458–20463 (2008)、PMID: 19073917

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